Complex Systems Discussion Group

 Forgot Password
 Register now

QQ登录

只需一步,快速开始

Search
View: 7741|Reply: 9

[KnowledgeExchange] 求数理大神合作理论模型部分

[Copy Link]

13

Threads

18

Posts

191

Credits

Moderator


IP  162.105.60.102

Posted at 2013-9-2 10:26:53 | All floors |Read mode
Last edited by zhiyuanli In 2013-9-2 10:42 Editor

我是汤老师的博士研究生刘奇,我的研究课题中的一个子课题是关于裂殖酵母的特化有丝分裂的项目,主要现象是在氮源饥饿后,G2期细胞(单倍体)通过两次没有生长的细胞分裂退出有丝分裂周期,本研究旨在弄清楚在没有细胞生长的情况下细胞周期是如何推动的。涉及到的主要科学问题如下:
1)在细胞没有生长的两次细胞分裂中,参与细胞周期调控的主要调控因子如rum1, cig2, cdc13, wee1, cdc25, ste9, slp1等是否会像正常有丝分裂一样经历合成与分解的过程?
2)理论上,假如这些调控因子不分解而是仅仅通过定位变化来改变其活性,能够推动完成两次细胞分裂。因为氮源饥饿后细胞可利用的氮源减少,如果这些调控因子不降解而是回收利用对细胞更经济。
3)理论上,细胞周期会更长还是更短呢?
4)细胞最终命运是停在G1期。常规细胞周期中细胞arrest 在G1期是通过Rum1的积累(如在贫瘠碳源和贫瘠氮源的EMM培养基中),这时细胞周期停在G1期时因为负调控因子Rum1的积累呢还是因为正调控因子的降解和不再合成。

希望找一位理论大牛帮忙做模拟,然后我这里可以配合很漂亮的定量实验,一起合作一篇文章。有意者请email:liuqi458@pku.edu.cn或QQ413085339.

2

Threads

10

Posts

28

Credits

Moderator


IP  198.199.123.18

Posted at 2013-9-2 10:34:39 | All floors
汤老师那边儿做理论的同学巨多啊=。=
It's not who I am underneath; it's what I do that defines me.

13

Threads

18

Posts

191

Credits

Moderator


IP  162.105.60.102

 Author| Posted at 2013-9-2 10:38:52 | All floors
Last edited by Leoqi In 2013-9-2 10:42 Editor

理论党可以帮忙给出所有可能的机制来实现这两次特化的有丝分裂,
然后我给出一个细胞实际采取的机制(当然是根据实验测量),

然后我们可以问为什么细胞会选择这种机制而不是那些理论可行的机制?这种机制是否是最优的?

0

Threads

5

Posts

123

Credits

Registered member


IP  162.105.160.19

Posted at 2013-9-6 07:04:24 | All floors
我之前做过一些fission yeast cell cycle的工作,不过有些东西忘了,来谈谈我现在能想到的部分,抛砖引玉。

1)我认为很多调控因子还是会有合成与分解的部分,比如cdc13和cig2部分,因为我记得CDK/CDC complex的降解一部分是泛素化降解的,细胞生长停止意味着蛋白的稀释项没有了,但是不阻碍泛素化降解。
2)我很认同师兄的看法,定位关系对细胞周期的影响很大,比如wee1主要定位在三个部分,核里,细胞中部还有一个地方我忘了。现在比较新的fission yeast(一两年前比较新。。)细胞周期模型是细胞生长到一定程度,极定位蛋白不能抑制细胞中部的某些蛋白,从而trigger G2/M transition。
3)我个人感觉是更短
4)我觉得是正调控因子不再合成,比如4eIF一系列的转录因子不合成就好了。按照我们之前模型的图景,它是调控CDC13合成的主要因子。

我们之前发表的文章见A mathematical model for cell size control in fission yeast Original Research Article
Journal of Theoretical Biology, Volume 264, Issue 3, 7 June 2010, Pages 771-781


后续我做了一点营养影响细胞周期的工作,期待与师兄交流。

13

Threads

18

Posts

191

Credits

Moderator


IP  162.105.160.10

 Author| Posted at 2013-9-6 07:23:25 | All floors
ShaoBin Posted at 2013-9-6 07:04
我之前做过一些fission yeast cell cycle的工作,不过有些东西忘了,来谈谈我现在能想到的部分,抛砖引玉。 ...


太好了!今天下午有空可以过来一起讨论一下吗?

0

Threads

5

Posts

123

Credits

Registered member


IP  162.105.160.19

Posted at 2013-9-6 07:24:47 | All floors
Leoqi Posted at 2013-9-6 07:23
太好了!今天下午有空可以过来一起讨论一下吗?

没问题!我先回想一下,我们五点组会,我之前回去就行。

43

Threads

186

Posts

524

Credits

Moderator


IP  162.105.60.34

Posted at 2013-9-6 09:41:10 | All floors
好棒的速度~作为论坛->合作的正面典范,一人加100积分!
给我一块二向箔,清理用

13

Threads

18

Posts

191

Credits

Moderator


IP  162.105.160.10

 Author| Posted at 2013-9-7 18:01:42 | All floors
zhiyuanli Posted at 2013-9-6 09:41
好棒的速度~作为论坛->合作的正面典范,一人加100积分!

哇,积分一下子上去了,好高兴,哇卡卡卡!

19

Threads

54

Posts

187

Credits

Administrator

Posted at 2013-11-28 15:39:42 | All floors
奇哥,project进展如何了?
You need to log in before you can reply Login | Register now

This forum Credits Rules

Mobile ver.|Darkroom|Complex Systems Discussion Group

GMT+8, 2019-5-22 07:15 , Processed in 0.073042 second(s), 21 queries .

Powered by Discuz! X3 English ver.

© 2001-2013 Comsenz Inc.

Quick Reply Back to top Back to list