工具
癌症免疫学
- ICRAFT 免疫相关 CRISPR 筛选功能靶点分析工具 (ICRAFT) 拥有大量基因组规模的 CRISPR 筛选，重点关注基因的免疫调节作用。 ICRAFT 为用户提供交互式网络界面，以研究特定基因扰动是否影响免疫调节功能。
- TISMO 同源小鼠肿瘤免疫数据库 (TISMO) 是专门用于托管、可视化和分析大量同源小鼠模型数据的免疫治疗反应和免疫浸润的数据库。
空间转录组学
- SPATCH 一个空间转录组学数据库，包括了5种类型的具有亚细胞分辨率的高通量空间转录组学数据以及配对的CODEX和scRNA-seq数据，并且提供了方便的数据可视化和探索工具。
- STAGE 女性生殖器肿瘤的空间多组学学数据集(STAGE) 包含来自546个卵巢癌、子宫内膜癌和宫颈癌样本的全外显子测序、RNA测序、全基因组甲基化测序、微小RNA测序以及Visium HD空间转录组测序的综合数据集，且带有样本的详细临床信息。
- DISSECT (DIffusion-based cell Segmentation integrating Spatially rEsolved transCripTome) 是曾泽贤实验室开发的一种先进的细胞分割算法。它将细胞学图像分割与转录组引导的微调相结合，实现了精确的空间转录组重建。
- TARDIS 一个分析空间CRISPR筛选数据的完整管线。
- SOAR 空间转录组学分析资源 (SOAR) 是一个综合数据库，包含来自 22 种组织类型的 6 个物种的 132 个空间转录组学数据集。