工具
肿瘤免疫
- ICRAFT 是一个用于肿瘤免疫靶点识别的网络平台，集成了大规模CRISPR筛选数据，重点关注基因对免疫调节功能的影响。用户可以通过ICRAFT评估特定基因扰动在免疫调控中的作用。
- TISMO 是一个用于免疫治疗效果评估的网络平台，收录大量同源小鼠模型相关数据。用户可用于可视化和分析免疫治疗反应及免疫细胞浸润情况。
空间组学数据库
- SPATCH 是一个空间转录组数据库，收录来自多平台的数据，包括Stereo-seq v3、Visium HD、NanoString 6K、Xenium 5K等，并提供配对的CODEX和单细胞转录组（scRNA-seq）数据作为参考。同时，该数据库还提供人工标注的细胞分割数据，便于训练空间分析模型。用户可在线可视化与下载数据。
- STAGE 数据库包含546例女性生殖系统肿瘤（卵巢癌、子宫内膜癌和宫颈癌）的空间多组学数据。其中100例样本进行了Visium HD空间转录组测序，数据类型还包括全外显子组测序、RNA测序、全基因组甲基化测序、microRNA测序，以及完整的临床信息。
- SOAR 是一个全面的空间转录组数据资源平台，收录来自六种物种、22种组织类型的数千组数据。平台提供交互式界面，支持用户在线分析和可视化空间转录组数据。
空间组学技术平台
- SPAC-seq 是一种高通量、单细胞分辨率的空间CRISPR筛选技术，兼容目前主流的空间组学平台（如Stereo-seq和Visium HD），支持在空间背景下进行基因功能扰动分析。
- Stereo-XCR 是针对Stereo-seq cDNA文库开发的空间X细胞受体测序平台，能够在亚细胞分辨率下捕获并测序T细胞受体（TCR）与B细胞受体（BCR）的全长序列。该技术同步获取无偏好性的XCR全长序列与空间转录组数据，实现了集成的免疫库和空间表达分析。