Research interests

• Bioinformatics method for metagenomes ( Human microbiomes and enviromental metagenonmes) 人体微生物、环境微生物的宏基因组生物信息学研究
• Genome structure analysis and prediction 基因组结构分析与预测
• Genomic comparison and evolution 比较基因组学和基因组进化
• Protein molecular dynamics 蛋白质分子动力学

Research projects

• 国家重点研发计划重点专项《重要病原细菌致病因子的系统发现》课题“微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建（No. 2021YFC2300046）”（2021~2024）
• 主持国家重点研发计划重点专项《重要疫源微生物组学研究》课题“微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建（No. 2017YFC1200205）”（2017~2020）
• 主持国家自然科学基金项目“微生物群落环境适应性的宏基因组学研究（No. 31671366）”（2017~2020）
• 主持国家自然科学基金重大研究计划培育项目“极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究（No. 91231119）”（2013～2015）
• 主持北京大学工学院——医学部交叉学科联合研究种子基金项目“ICU医护环境数字化研究”（2012～2013）
• 参与国家科技部十二五国家科技支撑计划项目“肠道微生物与脑肠轴功能交互作用平台研究”（2012～2016）
• 主持国家自然科学基金重点项目“神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用（No. 61131003）”（2012～2016）
• 参与北京大学临床医院合作专项“肠道微生物与消化代谢相关疾病研究平台”（2012～2015）
• 主持北京市优秀博士学位论文指导教师科技项目“宏基因组的生物信息学方法和技术（No. YB20101000102）”（2011～2013）
• 国家自然科学基金创新群体“生物网络研究（No. 11021463）”成员（2011~2013）
• 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题“视觉假体的信息处理及编码理论研究（No. 2011CB707503）”（2011～2016）
• 主持国家自然科学基金项目“人肠道微生物组的基因预测与序列拼接方法研究（No. 30970667）”（2010~2012）
• 主持北大医工联合研究种子基金项目“肠易激综合征相关肠道菌群的系统生物学研究”（2010～2011）
• 参与国家科技部科技重大专项“高成药性先导化合物设计与优化技术研究（2009ZX09501－002）”（2009～2010）
• 主持国家自然科学基金项目“基于翻译起始机制的原核基因组比较的生物信息学研究（No. 30770499）”（2008~2010）
• 国家自然科学基金创新群体“生物网络研究（No. 10721403）”成员（2008~2010）
• 主持GaTech/Emory University --Peking University BME联合种子基金项目“New gene finding methods for shotgun DNA sequences of microbial communities coexisting with a human host” （2008～2009）
• 主持北京大学工学院青年人才基金“基因预测新方法以及比较基因组学研究”（2006~2009）
• 主持国家自然科学基金项目“真核基因预测新算法的研究（No. 30300071）”（2004~2006）
• 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子项目“基于表达调控网络的基因功能预测（No. 2003CB715905）”（2003~2008）
• 合作承担国家自然科学基金数理学部SARS特别基金项目“SARS及其它冠状病毒演化的数学物理模型分析（No. 10342002）”（2003~2004）
• 合作承担国家自然科学基金重大研究计划面上项目“真核生物基因转录调控的信息结构及作用原理（No. 90208021）”（2003~2006）