-
基于基因组数据挖掘高效预测微生物铁载体互作网络
2025年1月15日，由北京大学定量生物学中心/北大-清华生命科学联合中心李志远课题组牵头，联合南京农业大学LorMe实验室和苏黎世大学定量生物医学系Rolf Kümmerli教授在国际知名学术期刊Science Advances上发表了题为“Siderophore synthetase-receptor gene coevolution reveals habitat- and pathogen-specific bacterial iron interaction networks”的研究论文。论文开发了一种经过实验验证的协同演化算法，成功从...
2025-01-15
-
【作者有话说】构筑铁网：定量刻画微生物王国中的铁资源版图
微生物群落重要而复杂，而铁的博弈可能是理解微生物博弈的一个重要切入点。过去的两年中，我们课题组和合作者发表了多篇以定量角度切入微生物铁互作的工作。2025年1月10日，综合之前的工作和思考未来的方向，我们在Quantitative Biology上刊发了一篇观点文章：“Forging the iron-net: Towards a quantitative understanding of microbial communities via siderophore-mediated interactions” (doi.org/10.1002/qub...
2025-01-10
-
构建微生物铁互作网络的观点文章
铁元素是几乎所有生命形式必需的营养物质，对微生物的生长和代谢至关重要。然而，由于铁在自然环境中多以难溶的氧化铁形式存在，其生物可利用性极其有限。为了获取这种稀缺资源，微生物进化出了多种铁吸收机制，其中最主要的是通过分泌和吸收铁载体(siderophore)。铁载体是一类能够特异性螯合铁离子的小分子，被分泌到环境中与铁结合，而后被微生物膜表面的受体特异性识别并转运入细胞内。不同微生物产生的铁载体结构...
2025-01-10
-
【作者有话说】夏威夷寄生菌，演化中的“海浪”，和“还有这事”？
这篇文章终于见刊了。回头想想，我不想发模式化的新闻稿了，就只想跟大家多唠唠——这其实算是我进入微生物次级代谢产物研究的第一个工作（Zhiyuan Li, Laura P Ióca, Ruolin He, Mohamed S Donia, Natural diversifying evolution of nonribosomal peptide synthetases in a defensive symbiont reveals nonmodular functional constraints, PNAS Nexus, Volume 3, Issue 9, September 2024, pgae384, https://doi.o...
2024-11-05
-
基因组数据挖掘揭示细菌铁载体通路的隐藏多样性
论文开发出了一种创新的生物信息学流程，成功揭示了假单胞菌铁载体pyoverdine途径的隐藏多样性，为细菌次级代谢的研究提供了全新的研究范式。
2024-10-08