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  【作者有话说】夏威夷寄生菌，演化中的“海浪”，和“还有这事”？

  这篇文章终于见刊了。回头想想，我不想发模式化的新闻稿了，就只想跟大家多唠唠——这其实算是我进入微生物次级代谢产物研究的第一个工作（Zhiyuan Li, Laura P Ióca, Ruolin He, Mohamed S Donia, Natural diversifying evolution of nonribosomal peptide synthetases in a defensive symbiont reveals nonmodular functional constraints, PNAS Nexus, Volume 3, Issue 9, September 2024, pgae384, https://doi.o...

  2024-11-05

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  基因组数据挖掘揭示细菌铁载体通路的隐藏多样性

  论文开发出了一种创新的生物信息学流程，成功揭示了假单胞菌铁载体pyoverdine途径的隐藏多样性，为细菌次级代谢的研究提供了全新的研究范式。

  2024-10-08

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  以数学模型解析多细胞体系如何在生长中进行自组织

  研究者通过构建一维多细胞分裂-分化模型，结合数值模拟与理论分析，发现生物系统中细胞的空间排布和谱系关系可以为整个系统提供位置信息。

  2024-06-16

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  从基因调控逻辑解码细胞命运决定的基本原理

  提出了耦合逻辑组合的基本网络模型计算框架。该研究以生物体系中经常出现的相互抑制自激活网络（CIS，Cross-Inhibition with Self-activation）为基础，同时考虑命运决定中的驱动力模式（噪声驱动/信号驱动）并耦合调控网络中的经典逻辑组合（AND-AND/OR-OR），考察不同的逻辑基序（Logic motif）对细胞命运决定过程的影响。该研究结合理论和数据提炼出命运偏好性、调控逻辑、和噪声特征三者互相依赖的动态变化关系，...

  2024-05-08

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  铁载体信息数据库SIDERITE与天然产物化学空间中暗藏的多样性

  本研究开发了一个铁载体信息数据库（Siderophore Information Database，简称SIDERTIE，意同陨铁），以SMILES格式收录了截至2023年5月所有已知的649种具有独特结构的铁载体。利用SIDERTIE的数字化特性，本研究得到了迄今为止最全面的铁载体信息统计数据，涵盖了铁载体生物合成途径、产生者来源和化学特性。统计发现，已知的铁载体在天然产物的化学空间中呈散发状分布，暗示了铁载体结构的多样性尚未被充分探索。

  2024-04-10