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从基因调控逻辑解码细胞命运决定的基本原理
提出了耦合逻辑组合的基本网络模型计算框架。该研究以生物体系中经常出现的相互抑制自激活网络（CIS，Cross-Inhibition with Self-activation）为基础，同时考虑命运决定中的驱动力模式（噪声驱动/信号驱动）并耦合调控网络中的经典逻辑组合（AND-AND/OR-OR），考察不同的逻辑基序（Logic motif）对细胞命运决定过程的影响。该研究结合理论和数据提炼出命运偏好性、调控逻辑、和噪声特征三者互相依赖的动态变化关系，...
2024-05-08
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铁载体信息数据库SIDERITE与天然产物化学空间中暗藏的多样性
本研究开发了一个铁载体信息数据库（Siderophore Information Database，简称SIDERTIE，意同陨铁），以SMILES格式收录了截至2023年5月所有已知的649种具有独特结构的铁载体。利用SIDERTIE的数字化特性，本研究得到了迄今为止最全面的铁载体信息统计数据，涵盖了铁载体生物合成途径、产生者来源和化学特性。统计发现，已知的铁载体在天然产物的化学空间中呈散发状分布，暗示了铁载体结构的多样性尚未被充分探索。
2024-04-10
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