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mBio | 李志远和杨晓静团队合作提出基于系统发育偏差的“找特长基因”新方法，挖掘细菌中的“特殊重组基...
就像北极熊有厚厚的皮毛能扛住刺骨寒冷，蝙蝠用回声定位在漆黑中自由翱翔一样，每种细菌也都有自己的“绝活”，帮助它们在独特的环境中生存。比如，有些细菌能耐辐射，有些能制造冰核来“欺负”植物，还有一种生活在海洋藻类里的细菌，特别擅长“混搭”自己的DNA，频率高到让其他细菌望尘莫及。这种“混搭”能产生化学多样性，为宿主藻类提供防御武器。但要找出这些“绝活”背后的关键基因，就像是大海捞针——细菌基...
2026-03-01
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SIDERITE Database Annual Update (2025)
Dear SIDERITE users and the siderophore research community,We are pleased to announce that the SIDERITE database (Siderophore Information Database) has completed its 2025 annual update (up to December 31, 2025).Note: If your page is not the latest version, please clear the website's cookies and refresh the page.This update marks a significant milestone:The database now contains more t...
2026-03-01
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基于基因组数据挖掘高效预测微生物铁载体互作网络
2025年1月15日，由北京大学定量生物学中心/北大-清华生命科学联合中心李志远课题组牵头，联合南京农业大学LorMe实验室和苏黎世大学定量生物医学系Rolf Kümmerli教授在国际知名学术期刊Science Advances上发表了题为“Siderophore synthetase-receptor gene coevolution reveals habitat- and pathogen-specific bacterial iron interaction networks”的研究论文。论文开发了一种经过实验验证的协同演化算法，成功从...
2025-01-15
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【作者有话说】构筑铁网：定量刻画微生物王国中的铁资源版图
微生物群落重要而复杂，而铁的博弈可能是理解微生物博弈的一个重要切入点。过去的两年中，我们课题组和合作者发表了多篇以定量角度切入微生物铁互作的工作。2025年1月10日，综合之前的工作和思考未来的方向，我们在Quantitative Biology上刊发了一篇观点文章：“Forging the iron-net: Towards a quantitative understanding of microbial communities via siderophore-mediated interactions” (doi.org/10.1002/qub...
2025-01-10
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构建微生物铁互作网络的观点文章
铁元素是几乎所有生命形式必需的营养物质，对微生物的生长和代谢至关重要。然而，由于铁在自然环境中多以难溶的氧化铁形式存在，其生物可利用性极其有限。为了获取这种稀缺资源，微生物进化出了多种铁吸收机制，其中最主要的是通过分泌和吸收铁载体(siderophore)。铁载体是一类能够特异性螯合铁离子的小分子，被分泌到环境中与铁结合，而后被微生物膜表面的受体特异性识别并转运入细胞内。不同微生物产生的铁载体结构...
2025-01-10