定量生物学中心旨在培养以理论、计算及实验的定量研究为手段、围绕理论与系统生物学领域重大科学问题开展交叉研究、具有创新研究能力的高层次人才。中心毕业的研究生在满足中心对毕业研究生的课程要求、论文要求以及科研工作要求的基础上，可根据修读课程的具体情况在本校数学学院、物理学院、化学学院、生命学院以及工学院的相关专业申请学位。
2.1 培养目标与学习年限
充分体现学科交叉，聚集数学、物理、化学、信息、生物学及工学等方面的力量，培养具有在理论与系统生物学领域开展交叉研究的、有创新能力的基础研究和应用研究的领军人才，以及适合于到科研单位和高校作基础研究和到企业作研发的高级专门人才。
通过培养，使学生具有坚实而广博的理论基础、系统的专门知识和熟练的专业技能。熟悉本学科国内外的研究及发展动态，具有独立从事科学研究和承担专门技术工作的能力；同时，使学生具有较强的创新能力，较强的组织协调及交流能力，强烈的事业心和良好的合作奉献精神；对待科学问题，思维要开放，学风要严谨，要有实事求是的精神，以满足社会对该学科在教学、科研和应用等方面的人才需求。
学习年限：5年。可根据课题进展情况，在4-7年内完成毕业论文并进行毕业答辩。
2.2 学位要求
中心毕业的研究生必须满足中心对毕业研究生的课程要求、论文要求和科研工作要求，根据修读课程和研究方向的具体情况在本校前沿交叉学科研究院申请相关交叉学科学位。
课程要求：
（1）完成定量生物学中心所规定的必修课程，具体课程见《2.4 课程设置》。其中，博士生英语课程为中心强调修读课程，不建议免修；
（2）根据学生的本科专业背景，与指导教师协商有针对性地选修定量生物学中心所推荐的选修课程。选修课程必须有指导教师签字方能录入成绩。具体课程见《2.4 课程设置》；
（3）完成若干拟申请的交叉学科学位相关的专业课程，使得全部专业课程内容及总学分达到相应交叉学科学位要求；
（4）完成本校规定的公共必修课程。
博士学位发表论文要求：
在满足申请学位学院的学位最低要求的前提，还必须满足下列要求之一：
（1）已发表或正式接受SCI收录论文2篇，且均为第一作者（含共同第一作者）；或
（2）发表论文累计影响因子达到4.0以上，且至少有一篇第一作者论文（含共同第一作者）。如为文章第二作者，影响因子乘以系数0.5；如为文章第三作者，影响因子乘以系数0.3；或
（3）论文评审总评须满足“3个优+2个良”或以上，并由导师提供推荐意见。
上述要求只是接收学位申请的必要条件，学位的最终授予将由CQB根据申请者的学术成果来投票决定。申请者所发表的论文应该是与博士学位论文内容相关的学术论文，而且以北京大学为第一发表单位，申请者为第一作者或第二作者（中心导师为第一作者）或通讯作者。
2.3 培养过程的重要环节
定量生物学中心的博士研究生培养工作进程主要包括一下几个环节：实验室轮转（Lab Rotation）、成立博士生指导小组并制定培养计划、课程学习、学科综合考试、开题报告（学位论文选题）、学位论文预答辩与评审、学位论文答辩。分述如下：
（1）实验室轮转（Lab Rotation）（完成时间：2012年9月－2013年7月）：根据中心的要求，中心招收的研究生在第一学年统一实行实验室轮转，之后方可进入确定的导师实验室进一步完成攻读博士学位的研究工作。本环节以《理论与系统生物学实验》课程（中心必修课）的形式对研究生进行考查和评定，具体要求和注意事项请参考第三章《中心研究生实验室轮转（Lab Rotation）》。
（2）成立博士生指导小组并制定培养计划 （完成时间：2013年8月－2013年12月）：中心研究生完成实验室轮转并确定导师后的第一个学期内，由导师负责成立博士生指导小组（3~5人）并任组长；导师和指导小组制定培养计划，填写培养计划表；指导小组名单及培养计划表应于期末前提交中心管理人员。
（3）课程学习：参见《2.2 学位要求》及《2.4 课程设置》。
（4）学科综合考试（完成时间：2014年2月－2014年7月）：学科综合考试是中心博士研究生质量控制的重要环节。综合考试主要考查点包括：（ⅰ）对本学科基础知识的掌握；（ⅱ）对本学科或课题的发展动向、主要研究是否有深入的理解和研究；（ⅲ）报告逻辑、思维以及语言表达能力。在研究生第二学年春季学期结束前，中心统一组织博士研究生的学科综合考试。因故不能如期参加综合考试的，经导师同意，可申请推迟一年参加。综合考试不合格者，可申请在两个月内重新参加综合考试。最终未能通过者，按学校学籍管理规定处理。
（5）开题报告（学位论文选题） （完成时间：2014年9月－2015年2月）：由导师与指导小组在学科综合考试通过后，研究生第三学年秋季学期，完成学位论文的选题工作，中心将统一组织学位论文选题的开题报告。开题报告以国家自然科学基金面上项目申请书的要求提交一份书面材料并作口头报告，主要考查点包括：（ⅰ）研究背景表述的水平、合理性，作者对背景与论文研究关系的把握水平。（ⅱ）研究问题和研究问题目标表述的水平。（ⅲ）研究的创新意义。（ⅳ）研究方法表达水平。（ⅴ）时间安排的合理性。（ⅵ）论文研究所需要资源的理解及参考文献的情况。
（6）指导小组定期考核：在完成通过学科综合考试和开题报告（学位论文选题）之后，自第三学年起，博士生指导小组每学年定期对博士生进行至少一次课题进展考核，直至学生完成学位论文预答辩。考核主要以博士生的口头报告形式进行，指导小组针对学生的课题进展情况提出评估和建议，具体时间和方式由导师与指导小组其他成员协商决定。
（7）学位论文预答辩与评审：按学校研究生院和申请学位的学院有关管理规定执行。
（8）学位论文答辩：按学校研究生院和申请学位的学院有关管理规定执行。
中心研究生培养进程中的其他事宜，按学校、相关院系和前沿交叉学科研究院的相关规定处理。
2.4 课程设置
中心研究生在读期间所修读课程需围绕理论与系统生物学研究领域，结合自己本科专业的背景，充分体现学科交叉。中心课程的设置分为三部分：
第一部分：所规定的必修课程，见中心必修课程；
第二部分：根据自己的本科专业背景，有针对性地选修中心所推荐的选修课程，见中心教师及推荐选修课程；
第三部分：根据本人研究方向，在导师及指导小组的指导下，从各院系（数学学院、物理学院、化学学院、生命学院以及工学院、信息学院）相关专业的课程，见各院系相关课程表。
部分课程说明：
（1）非生物、化学背景的研究生，应修读生命学院或化学学院的分子生物学、细胞生物学、生物化学等相关本科生课程，至少达到6学分（见中心教师及推荐选修课程），该课程学分可同等学分计入研究生课程。
（2）中心必修课《定量生物学中心学术报告》为中心研究生第一、第二学年以参加中心学术报告、讲座的形式进行考查和评定。中心研究生必须在第一、第二学年共2个学年参加中心3/4以上的报告和讲座，方可获得本课程的学分。中心以定期或不定期的形式通知研究生属于本课程考查范围的讲座和报告，通常在每周二中午1:00－2:00定期举行，研究生必需签到。对于研究生签到次数不足3/4的学年，该学年课程记为不合格，应该在下一学年重修。
（3）中心必修课《理论与系统生物学实验》为中心研究生在入学第一学年的实验室轮转（Lab Rotation），具体要求参见《三.中心研究生实验室轮转（Lab Rotation）》。
