北京大学定量生物学中心

学术报告 

题    目: 基于细胞自组织的细胞空间关系重构

报告人: 任仙文博士，副研究员，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）

时    间: 4月6日（周二）13:00-14:00

地    点: 老化学楼东配楼101报告厅

主持人: 来鲁华 教授

摘 要:

单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一项革命性的生物技术，在生物医学的诸多领域得到了广泛应用。但在组织分离过程中，细胞之间的空间关系会丢失。如何基于单细胞转录组测序数据重构细胞在组织中的空间关系是单细胞测序领域的重要前沿问题之一。本研究基于化学领域中的质量作用定律（Law of mass action）利用单细胞转录组提供的配体与受体表达数据给出了细胞-细胞相互作用力的估计，并进而基于细胞在三维空间中的自组织设计了细胞空间关系的重构算法CSOmap.该算法不仅可以重构细胞之间的相互作用、空间关系，而且可以鉴定介导相互作用的关键配体-受体分子对，并可以模拟基因敲除、过表达、细胞输入或删失等分子细胞操作对细胞空间关系的影响。该算法在肿瘤、肺纤维化、新冠肺炎中的应用鉴定了多对关键配体-受体分子，并得到了体内体外实验的支持，为基于大数据和深度计算发现介导重要表型或疾病的关键靶标提供了新路径。

报告人简介：

任仙文，副研究员，国家自然科学基金优秀青年项目获得者。2004年毕业于南开大学，获生物科学、信息与计算科学双学位；2007年毕业于军事医学科学院，获遗传学硕士学位；2010年毕业于中国科学院数学与系统科学研究院，获得运筹学与控制论博士学位。2010年至2013年任职于中国医学科学院病原生物学研究所，致力于基于宏基因组测序的病原体检测分析。2016年任职于北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC），致力于单细胞转录组测序的生物信息学分析和肿瘤免疫的研究，针对大规模单细胞测序数据的聚类、注释、时空重建等重要前沿生物信息学问题提出了关键技术创新，在 Cell 、 Nature 、 Nature Medicine 、 Cell Research、Nature Communications等国际知名杂志上发表论文50多篇。