北京大学定量生物学中心

学术报告

题 目: ProDESIGN-LE与PALMS-DAs：AI辅助的蛋白质设计及蛋白质-小分子结合位点鉴定

报告人: 卜东波 研究员

中科院计算所

时 间: 5月22日（周一）13:00-14:00

地 点: 吕志和楼B101

主持人: 宋晨 研究员

摘 要:

蛋白质结构预测与蛋白质设计是一枚硬币的两面。针对蛋白质结构预测，我们设计了直接学习残基间距离的神经网络CopulaNet，开发了预测算法ProFOLD；针对蛋白质设计，我们设计了算法ProDESIGN系列，并重新设计了蛋白质CAT III和绿色荧光蛋白GFP，其晶体结构与目标结构接近（RMSD=1.4 埃），已成功发光。

本次讲座还将介绍鉴定蛋白质-小分子结合位点的新方法PALMS-DAs，该方法联合应用光交联、色谱、质谱、分子动力学等技术，在热休克蛋白与抑制剂的初步实验表明，该方法可鉴定出结合位点。

报告人简介：

卜东波，中科院计算所研究员，研究兴趣包括生物信息学（蛋白质结构预测、糖结构鉴定）、计算机算法。在Nature子刊等发表论文100余篇，著有《算法讲义》；带领六名“计算所二代”小学生组成小SIGMA数学特别兴趣组，讲授数学思维和计算思维，并与之合著《少儿计算思维养成记---六个小孩的编程学习笔记》。

研制了“用人工智能技术辅助算法设计”的AIA系统，在经典排课等多个问题上实现了变“凭灵感设计算法”为“从数据学习出算法”；设计了蛋白质结构预测算法ProFOLD，性能超过AlphaFold，正努力赶超AlphaFold2；设计了蛋白质序列设计算法ProDESIGN，重设计绿色荧光蛋白，并成功发光。